來自長庚的兒童腎臟科：在台灣被低估的致命遺傳腎臟疾病～長庚研發專利檢驗可早期發現
Journal articles 主要是這兩篇：
- Tseng, Min-Hua, Shih-Ming Huang, Jing-Long Huang, Wen-Lang Fan, Martin Konrad, Steven W. Shaw, Reyin Lien, et al. “Autosomal Recessive Renal Tubular Dysgenesis Caused by a Founder Mutation of Angiotensinogen.” Kidney International Reports 5, no. 11 (November 1, 2020): 2042–51. https://doi.org/10.1016/j.ekir.2020.08.011 .
- Tseng, Min-Hua, Shih-Ming Huang, Martin Konrad, Jing-Long Huang, Steven W. Shaw, Ya-Chung Tian, Ho-Yen Chueh, et al. “Effect of Hydrocortisone on Angiotensinogen (AGT) Mutation–Causing Autosomal Recessive Renal Tubular Dysgenesis.” Cells 10, no. 4 (April 1, 2021): 782. https://doi.org/10.3390/cells10040782 .
儘管論文裡寫：
This AGT deletion has not been reported previously and is absent from the gnomad and other databases.
但其實仔細下去找，會發現其實蠻早 1000 Genomes Project 的 SV 研究就有紀錄 。
Sudmant, Peter H., Tobias Rausch, Eugene J. Gardner, Robert E. Handsaker, Alexej Abyzov, John Huddleston, Yan Zhang, et al. “An Integrated Map of Structural Variation in 2,504 Human Genomes.” Nature 526, no. 7571 (October 1, 2015): 75–81. https://doi.org/10.1038/nature15394 .
該研究的 SV VCF 在這裡 。搭配 1kGP 的 WGS 資料可以看得很清楚。
要看更大規模的分析，現在 gnomAD 裡面也有了：
- GRCh37: DEL_1_12597
- GRCh38: DEL_CHR1_5A0893EE
gnomAD 的資料顯示這個 SV 只在東亞人身上看到，且 allele frequency 也比長庚論文裡的台灣帶因率 1.2% (6/500) 低得多，可見在台灣這個 SV 確實有顯著 founder effect。
不知道 gnomAD 的樣本都從哪裡來的，裡面居然有帶這個 SV 的 homozygous 樣本。雖然長庚的第二篇是有 homozygous 救回來的案例，但這是在經過研究、瞭解病因，且有醫療介入的情況。AGT 對腎臟發育乃至於體液調節都太重要了，兩套都壞掉的個案通常難以存活。